Sejarah terbentuknya organisasi sekuler ini, pihak Freemason sendiri masih belum bisa menentukan. Banyak dugaan kebebasan berpikir dan gerakan anti dogma (terutama terhadap agama) ini sudah ada sejak sebelum abad pertengahan. Bukti ini didapatkan dari ditemukannya manuskrip dari sebuah perusahaan bangunan Inggris. Manuskrip itu berisi konstitusi dan aturan-aturan organisasi, landasan hukum, serta hak dan kewajiban anggota.
Data-data ini yang di kemudian hari merupakan dasar pembentukan organisasi yang digunakan oleh Freemason, dan masih digunakan hingga saat ini. Selain data yang ditemukan ini masih belum ada data dari sumber lain.[1][2] Dengan begitu secara formal sejarah Freemason adalah berasal dari Inggris, sekalipun banyak sekali publikasi yang ditulis oleh bukan dari kelompok Freemason yang membuat spekulasi bahwa Freemason berasal dari banyak tempat lain.[3]